Nedávno vydaný článek v časopise Příroda Microbiology podrobně popisuje dynamiku cirkulace koronaviru v Brazílii a poskytuje portrét prvních dvou vln covid-19. Práce mimo jiné pojednává o úloze mobility obyvatelstva, opatřeních omezujících cestování a vzniku prvních variant v šíření nákazy.
PUBLICITA
„Vytváření genomů a analýza dat je zásadní pro pochopení a sledování vývoje patogenů, zejména s ohledem na cirkulaci mnoha mikroorganismů v Brazílii, jako jsou mimo jiné Sars-CoV-2, horečka dengue, zika, chikungunya a opičí neštovice. To zdůrazňuje potřebu udržovat monitorovací systémy aktivní,“ vysvětluje první autorka článku, hostující výzkumnice v IOC/Fiocruz Flavivirus Laboratory, Marta Giovanetti.
Studie pod vedením Oswaldo Cruz Institute (IOC/Fiocruz), Butantan Institute a University of São Paulo (USP) zahrnovala účast více než stovky vědců, kteří působí v institucích v osmi zemích: Brazílie, Paraguay, Itálie, Jižní Jižní Afrika, Spojené království, Portugalsko, Spojené státy americké a Austrálie.
Genomy z celé Brazílie
Studie analyzovala genomy z celé Brazílie. Na mapě kroužky označují objem genetických sekvencí odpovídajících každému stavu. V grafu barvy označují různé detekované virové linie.
PUBLICITA
„Jako výzkumníci máme povinnost generovat data, abychom se pokusili porozumět procesům šíření patogenů s endemickým a epidemickým potenciálem a zároveň informovali zdravotnické úřady a populaci. Předtisk umožňuje toto rychlé sdílení,“ upozornila výzkumnice Marta.
Transmisí
Studie poukazuje na to, že k většině zavlečení koronaviru v Brazílii došlo před zavedením restriktivních opatření, jako je uzavření škol a podniků. Většina kmenů byla zavlečena z Evropy, odhadem 114 nezávislých zavlečení do dubna 2020. V nejintenzivnějším období omezení, od dubna do srpna 2020, bylo zaznamenáno 33 zavlečení koronaviru.
I přes velký počet importů došlo za celé analyzované období k cca 10x větším exportním akcím kmenů z Brazílie do zahraničí.
PUBLICITA
Rozsáhlá databáze
Výzkum sekvenoval více než 3,8 genomů Sars-CoV-2 odkazujících na případy registrované v osmi brazilských státech mezi únorem 2020 a červnem 2021. Kromě IOC/Fiocruz, Instituto Butantan a USP, Central Public Health Laboratories (Lacens) z pěti brazilských států a Paraguay, Instituto Carlos Chagas (Fiocruz-Paraná) a Hemocentro de Ribeirão Preto (SP) spolupracovaly na sekvenování.
Objem sekvencí představuje přibližně 20 % celkových genomů dekódovaných v Brazílii během sledovaného období. V rámci analýz vědci analyzovali také kolem 13 tisíc genomů dostupných ve veřejných databázích týkajících se případů registrovaných v zemi v daném období, celkem dosáhli přibližně 17 tisíc genomů. Analyzovány byly také informace o případech v Paraguayi.
Zdroj: Fiocruz News Agency
