Un article récemment publié dans le magazine Nature de microbiologie détaille la dynamique de circulation du coronavirus au Brésil et dresse un portrait des deux premières vagues de covid-19. Entre autres résultats, les travaux discutent du rôle de la mobilité de la population, des mesures de restriction des déplacements et de l’émergence des premiers variants dans la propagation de la maladie.
PUBLICITÉ
« La génération de génomes et l'analyse des données sont cruciales pour comprendre et surveiller l'évolution des agents pathogènes, en particulier compte tenu de la circulation de multiples micro-organismes au Brésil, tels que le Sars-CoV-2, la dengue, le zika, le chikungunya et la variole du singe, entre autres. Cela met en évidence la nécessité de maintenir actifs les systèmes de surveillance », explique la première auteure de l'article, la chercheuse invitée au Laboratoire des flavivirus CIO/Fiocruz, Marta Giovanetti.
Menée par l'Institut Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), l'Institut Butantan et l'Université de São Paulo (USP), l'étude a bénéficié de la participation de plus d'une centaine de scientifiques travaillant dans des institutions de huit pays : Brésil, Paraguay, Italie, Afrique du Sud. Afrique du Sud, Royaume-Uni, Portugal, États-Unis et Australie.
Génomes de tout le Brésil
L'étude a analysé les génomes de tout le Brésil. Sur la carte, les cercles indiquent le volume de séquences génétiques correspondant à chaque état. Dans le graphique, les couleurs indiquent les différentes lignées virales détectées.
PUBLICITÉ
« En tant que chercheurs, nous avons l’obligation de générer des données pour tenter de comprendre les processus de dispersion des agents pathogènes à potentiel endémique et épidémique et, en même temps, informer les autorités sanitaires et la population. La prépublication permet ce partage rapide », a souligné la chercheuse Marta.
Transmission
L’étude souligne que la plupart des introductions de coronavirus au Brésil ont eu lieu avant la mise en œuvre de mesures restrictives, telles que la fermeture des écoles et des entreprises. La majorité des souches ont été introduites depuis l’Europe, avec environ 114 introductions indépendantes avant avril 2020. Au cours de la période de restrictions la plus intense, d’avril à août 2020, 33 introductions du coronavirus ont été enregistrées.
Malgré le grand nombre d'importations, il y a eu environ 10 fois plus d'événements d'exportation de souches du Brésil vers l'étranger, sur l'ensemble de la période analysée.
PUBLICITÉ
Base de données étendue
La recherche a séquencé plus de 3,8 2 génomes du Sars-CoV-2020 faisant référence à des cas enregistrés dans huit États brésiliens entre février 2021 et juin XNUMX. Outre le CIO/Fiocruz, l'Instituto Butantan et l'USP, les Laboratoires centraux de santé publique (Lacens) de cinq États brésiliens et le Paraguay, l'Instituto Carlos Chagas (Fiocruz-Paraná) et Hemocentro de Ribeirão Preto (SP) ont collaboré au séquençage.
Le volume de séquences représente environ 20 % du total des génomes décodés au Brésil au cours de la période d'étude. Dans les analyses, les chercheurs ont également analysé environ 13 17 génomes disponibles dans les bases de données publiques faisant référence aux cas enregistrés dans le pays au cours de cette période, pour atteindre un total d'environ XNUMX XNUMX génomes. Les informations concernant les cas au Paraguay ont également été analysées.
Source : Agence de presse Fiocruz
