Sebuah artikel baru-baru ini diterbitkan di majalah Mikrobiologi alam merinci dinamika peredaran virus corona di Brasil dan memberikan potret dua gelombang pertama Covid-19. Hasil penelitian lainnya antara lain membahas peran mobilitas penduduk, tindakan pembatasan perjalanan, dan munculnya varian pertama dalam penyebaran penyakit.
PUBLISITAS
“Pembuatan genom dan analisis data sangat penting untuk memahami dan memantau evolusi patogen, terutama mengingat peredaran berbagai mikroorganisme di Brasil, seperti Sars-CoV-2, demam berdarah, zika, chikungunya, cacar monyet, dan lain-lain. Hal ini menyoroti perlunya menjaga sistem pemantauan tetap aktif”, jelas penulis pertama artikel tersebut, peneliti tamu di Laboratorium IOC/Fiocruz Flavivirus, Marta Giovanetti.
Dipimpin oleh Oswaldo Cruz Institute (IOC/Fiocruz), Butantan Institute dan University of São Paulo (USP), penelitian ini melibatkan partisipasi lebih dari seratus ilmuwan, yang bekerja di institusi di delapan negara: Brazil, Paraguay, Italia, Selatan Afrika Selatan, Inggris, Portugal, Amerika Serikat dan Australia.
Genom dari seluruh Brasil
Studi ini menganalisis genom dari seluruh Brasil. Pada peta, lingkaran menunjukkan volume rangkaian genetik yang sesuai dengan setiap keadaan. Pada grafik, warna menunjukkan garis keturunan virus berbeda yang terdeteksi.
PUBLISITAS
“Sebagai peneliti, kami mempunyai kewajiban untuk menghasilkan data guna mencoba memahami proses penyebaran patogen yang berpotensi endemik dan epidemi, dan pada saat yang sama, memberikan informasi kepada otoritas kesehatan dan masyarakat. Pracetak memungkinkan pembagian yang cepat”, kata peneliti Marta.
Transmisi
Studi tersebut menunjukkan bahwa sebagian besar masuknya virus corona di Brasil terjadi sebelum penerapan tindakan pembatasan, seperti penutupan sekolah dan bisnis. Mayoritas strain virus ini masuk dari Eropa, dengan perkiraan 114 kasus perkenalan independen sebelum bulan April 2020. Pada periode pembatasan yang paling intens, dari bulan April hingga Agustus 2020, tercatat 33 kasus perkenalan virus corona.
Meskipun jumlah impornya besar, terdapat sekitar 10 kali lebih banyak ekspor strain dari Brazil ke luar negeri, mengingat seluruh periode yang dianalisis.
PUBLISITAS
Basis data yang luas
Penelitian ini mengurutkan lebih dari 3,8 genom Sars-CoV-2 yang mengacu pada kasus yang terdaftar di delapan negara bagian Brasil antara Februari 2020 hingga Juni 2021. Selain IOC/Fiocruz, Instituto Butantan dan USP, Laboratorium Kesehatan Masyarakat Pusat (Lacens) dari lima negara bagian Brasil dan Paraguay, Instituto Carlos Chagas (Fiocruz-Paraná) dan Hemocentro de Ribeirão Preto (SP) berkolaborasi dalam pengurutan tersebut.
Volume sekuens mewakili sekitar 20% dari total genom yang diterjemahkan di Brasil selama masa penelitian. Dalam analisisnya, para peneliti juga menganalisis sekitar 13 ribu genom yang tersedia di database publik mengacu pada kasus-kasus yang terdaftar di negara tersebut pada periode tersebut, sehingga totalnya mencapai sekitar 17 ribu genom. Informasi mengenai kasus-kasus di Paraguay juga dianalisis.
Sumber: Kantor Berita Fiocruz
