Un articolo recentemente pubblicato sulla rivista Natura Microbiologia descrive in dettaglio le dinamiche della circolazione del coronavirus in Brasile e fornisce un ritratto delle prime due ondate di covid-19. Tra gli altri risultati, il lavoro discute il ruolo della mobilità della popolazione, delle misure di restrizione dei viaggi e dell’emergere delle prime varianti nella diffusione della malattia.
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“La generazione di genomi e l’analisi dei dati è fondamentale per comprendere e monitorare l’evoluzione degli agenti patogeni, soprattutto considerando la circolazione di molteplici microrganismi in Brasile, come Sars-CoV-2, dengue, zika, chikungunya e vaiolo delle scimmie, tra gli altri. Ciò evidenzia la necessità di mantenere attivi i sistemi di monitoraggio”, spiega la prima autrice dell’articolo, la ricercatrice in visita presso il Laboratorio Flavivirus CIO/Fiocruz, Marta Giovanetti.
Lo studio, condotto dall'Istituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), dall'Istituto Butantan e dall'Università di San Paolo (USP), ha visto la partecipazione di oltre cento scienziati che lavorano in istituzioni di otto paesi: Brasile, Paraguay, Italia, Sud Africa del Sud, Regno Unito, Portogallo, Stati Uniti e Australia.
Genomi da tutto il Brasile
Lo studio ha analizzato i genomi provenienti da tutto il Brasile. Sulla mappa, i cerchi indicano il volume delle sequenze genetiche corrispondenti a ciascuno stato. Nel grafico, i colori indicano i diversi lignaggi virali rilevati.
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“Come ricercatori abbiamo l’obbligo di generare dati per cercare di comprendere i processi di dispersione degli agenti patogeni con potenziale endemico ed epidemico e, allo stesso tempo, informare le autorità sanitarie e la popolazione. La prestampa consente questa rapida condivisione”, ha sottolineato la ricercatrice Marta.
trasmissione
Lo studio sottolinea che la maggior parte delle introduzioni di coronavirus in Brasile sono avvenute prima dell’attuazione di misure restrittive, come la chiusura di scuole e imprese. La maggior parte dei ceppi è stata introdotta dall’Europa, con una stima di 114 introduzioni indipendenti prima di aprile 2020. Nel periodo più intenso di restrizioni, da aprile ad agosto 2020, sono state registrate 33 introduzioni del coronavirus.
Nonostante il gran numero di importazioni, si sono verificati circa 10 volte più eventi di esportazione di ceppi dal Brasile verso l'estero, considerando l'intero periodo analizzato.
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Ampio database
La ricerca ha sequenziato più di 3,8 genomi di Sars-CoV-2 riferiti a casi registrati in otto stati brasiliani tra febbraio 2020 e giugno 2021. Oltre a IOC/Fiocruz, Instituto Butantan e USP, Central Public Health Laboratories (Lacens) di cinque stati brasiliani e Paraguay, l'Instituto Carlos Chagas (Fiocruz-Paraná) e l'Hemocentro de Ribeirão Preto (SP) hanno collaborato al sequenziamento.
Il volume delle sequenze rappresenta circa il 20% del totale dei genomi decodificati in Brasile durante il periodo di studio. Nelle analisi, i ricercatori hanno analizzato anche circa 13mila genomi disponibili in database pubblici riferiti a casi registrati nel Paese nel periodo, arrivando ad un totale di circa 17mila genomi. Sono state analizzate anche le informazioni relative ai casi in Paraguay.
Fonte: Agenzia di stampa Fiocruz
