Een artikel dat onlangs in het tijdschrift verscheen Natuur Microbiologie beschrijft de dynamiek van de verspreiding van het coronavirus in Brazilië en geeft een portret van de eerste twee golven van covid-19. Het werk bespreekt onder meer de rol van bevolkingsmobiliteit, reisbeperkingsmaatregelen en de opkomst van de eerste varianten in de verspreiding van de ziekte.
PUBLICITEIT
“Het genereren van genomen en data-analyse is cruciaal voor het begrijpen en monitoren van de evolutie van ziekteverwekkers, vooral gezien de circulatie van meerdere micro-organismen in Brazilië, zoals onder meer Sars-CoV-2, dengue, zika, chikungunya en monkeypox. Dit benadrukt de noodzaak om monitoringsystemen actief te houden”, legt de eerste auteur van het artikel, de gastonderzoeker aan het IOC/Fiocruz Flavivirus Laboratory, Marta Giovanetti, uit.
Onder leiding van het Oswaldo Cruz Instituut (IOC/Fiocruz), Butantan Instituut en de Universiteit van São Paulo (USP), omvatte de studie de deelname van meer dan honderd wetenschappers, die werken in instellingen in acht landen: Brazilië, Paraguay, Italië, Zuid-Afrika en Zuid-Afrika. Afrika Zuid, Verenigd Koninkrijk, Portugal, Verenigde Staten en Australië.
Genomen uit heel Brazilië
De studie analyseerde genomen uit heel Brazilië. Op de kaart geven de cirkels het volume aan genetische sequenties aan dat overeenkomt met elke toestand. In de grafiek geven de kleuren de verschillende gedetecteerde viruslijnen aan.
PUBLICITEIT
“Als onderzoekers hebben we de plicht om gegevens te genereren om te proberen de verspreidingsprocessen van ziekteverwekkers met endemisch en epidemisch potentieel te begrijpen en tegelijkertijd de gezondheidsautoriteiten en de bevolking te informeren. De preprint maakt dit snel delen mogelijk”, aldus onderzoeker Marta.
Streamen
Uit het onderzoek blijkt dat de meeste introducties van het coronavirus in Brazilië plaatsvonden vóór de implementatie van beperkende maatregelen, zoals de sluiting van scholen en bedrijven. Het merendeel van de soorten werd vanuit Europa geïntroduceerd, met naar schatting 114 onafhankelijke introducties vóór april 2020. In de meest intense periode van beperkingen, van april tot augustus 2020, werden 33 introducties van het coronavirus geregistreerd.
Ondanks het grote aantal importen waren er, gezien de gehele geanalyseerde periode, ongeveer tien keer zoveel exportgebeurtenissen van soorten uit Brazilië naar het buitenland.
PUBLICITEIT
Uitgebreide database
Het onderzoek heeft meer dan 3,8 Sars-CoV-2-genomen gesequenced, verwijzend naar gevallen die tussen februari 2020 en juni 2021 in acht Braziliaanse staten zijn geregistreerd. Naast IOC/Fiocruz, Instituto Butantan en USP, Central Public Health Laboratories (Lacens) uit vijf Braziliaanse staten en Paraguay werkten Instituto Carlos Chagas (Fiocruz-Paraná) en Hemocentro de Ribeirão Preto (SP) samen met de sequencing.
Het volume aan sequenties vertegenwoordigt ongeveer 20% van de totale genomen die tijdens de onderzoeksperiode in Brazilië zijn gedecodeerd. In de analyses analyseerden de onderzoekers ook ongeveer 13 genomen die beschikbaar waren in openbare databases die verwijzen naar gevallen die in de periode in het land waren geregistreerd, waardoor een totaal van ongeveer 17 genomen werd bereikt. Informatie over gevallen in Paraguay werd ook geanalyseerd.
Bron: persbureau Fiocruz
