Artykuł niedawno opublikowany w czasopiśmie Nature Microbiology szczegółowo opisuje dynamikę rozprzestrzeniania się wirusa Covid-19 w Brazylii i przedstawia portret pierwszych dwóch fal Covid-XNUMX. W pracy omówiono między innymi rolę mobilności populacji, środków ograniczających podróżowanie oraz pojawienie się pierwszych wariantów rozprzestrzeniania się choroby.
PUBLICIDADA
„Generowanie genomów i analiza danych mają kluczowe znaczenie dla zrozumienia i monitorowania ewolucji patogenów, szczególnie biorąc pod uwagę krążenie wielu mikroorganizmów w Brazylii, takich jak między innymi Sars-CoV-2, denga, zika, chikungunya i ospa małpia. To podkreśla potrzebę utrzymywania aktywności systemów monitorowania” – wyjaśnia pierwsza autorka artykułu, badaczka wizytująca w Laboratorium Flawiwirusów IOC/Fiocruz, Marta Giovanetti.
W badaniu prowadzonym przez Instytut Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), Instytut Butantan i Uniwersytet w São Paulo (USP) wzięło udział ponad stu naukowców, którzy pracują w instytucjach w ośmiu krajach: Brazylii, Paragwaju, Włoszech, Południu Afryka Południowa, Wielka Brytania, Portugalia, Stany Zjednoczone i Australia.
Genomy z całej Brazylii
W badaniu przeanalizowano genomy z całej Brazylii. Na mapie kółka wskazują objętość sekwencji genetycznych odpowiadających każdemu stanowi. Na wykresie kolory wskazują różne wykryte linie wirusa.
PUBLICIDADA
„Jako badacze mamy obowiązek generować dane, aby spróbować zrozumieć procesy rozprzestrzeniania się patogenów o potencjale endemicznym i epidemicznym, a jednocześnie informować władze odpowiedzialne za opiekę zdrowotną i ludność. Preprint pozwala na takie szybkie udostępnienie” – podkreśla badaczka Marta.
Transmisja
Z badania wynika, że większość przypadków zarażenia koronawirusem w Brazylii miała miejsce przed wprowadzeniem środków ograniczających, takich jak zamknięcie szkół i przedsiębiorstw. Większość szczepów sprowadzono z Europy, przy czym szacuje się, że przed kwietniem 114 r. doszło do 2020 niezależnych introdukcji. W najbardziej intensywnym okresie ograniczeń, od kwietnia do sierpnia 2020 r., odnotowano 33 introdukcje wirusa.
Pomimo dużej liczby importów, w całym analizowanym okresie doszło do około 10-krotnie większej liczby eksportów szczepów z Brazylii za granicę.
PUBLICIDADA
Rozbudowana baza danych
W ramach badania zsekwencjonowano ponad 3,8 genomów Sars-CoV-2 odnoszących się do przypadków zarejestrowanych w ośmiu stanach Brazylii w okresie od lutego 2020 r. do czerwca 2021 r. Oprócz IOC/Fiocruz, Instituto Butantan i USP, Central Public Health Laboratories (Lacens) z pięciu brazylijskich stanów i Paragwaju, przy sekwencjonowaniu współpracowały Instituto Carlos Chagas (Fiocruz-Paraná) i Hemocentro de Ribeirão Preto (SP).
Objętość sekwencji stanowi około 20% wszystkich genomów zdekodowanych w Brazylii w okresie badania. W analizach poddano także analizie około 13 tysięcy genomów dostępnych w publicznych bazach danych, odnoszących się do przypadków zarejestrowanych w kraju w tym okresie, co dało łącznie około 17 tysięcy genomów. Przeanalizowano także informacje dotyczące przypadków w Paragwaju.
Źródło: Agencja Informacyjna Fiocruz
