Статья, недавно опубликованная в журнале Природа Микробиология подробно описывает динамику циркуляции коронавируса в Бразилии и дает портрет первых двух волн Covid-19. Среди других результатов в работе обсуждается роль мобильности населения, мер ограничения поездок и возникновения первых вариантов в распространении заболевания.
ПУБЛИЧНОСТЬ
«Получение геномов и анализ данных имеют решающее значение для понимания и мониторинга эволюции патогенов, особенно учитывая циркуляцию в Бразилии множества микроорганизмов, таких как Sars-CoV-2, лихорадка денге, зика, чикунгунья, оспа обезьян и другие. Это подчеркивает необходимость поддержания активности систем мониторинга», — объясняет первый автор статьи, приглашенный исследователь из Лаборатории флавивирусов МОК/Фиокрус Марта Джованетти.
В исследовании, проведенном Институтом Освальдо Круза (IOC/Fiocruz), Институтом Бутантана и Университетом Сан-Паулу (USP), приняли участие более ста ученых, которые работают в учреждениях восьми стран: Бразилии, Парагвая, Италии, Юга. Юг Африки, Великобритания, Португалия, США и Австралия.
Геномы со всей Бразилии
В ходе исследования были проанализированы геномы со всей Бразилии. На карте кружками обозначен объем генетических последовательностей, соответствующий каждому состоянию. На графике цвета обозначают различные обнаруженные вирусные линии.
ПУБЛИЧНОСТЬ
«Как исследователи, мы обязаны собирать данные, чтобы попытаться понять процессы распространения патогенов с эндемическим и эпидемическим потенциалом и в то же время информировать органы здравоохранения и население. Препринт позволяет это быстро распространить», — отметила исследователь Марта.
Передача
В исследовании отмечается, что большинство случаев заражения коронавирусом в Бразилии произошло до введения ограничительных мер, таких как закрытие школ и предприятий. Большинство штаммов было завезено из Европы, при этом до апреля 114 года, по оценкам, было зарегистрировано 2020 независимых заносов. В самый интенсивный период ограничений, с апреля по август 2020 года, было зафиксировано 33 завоза коронавируса.
Несмотря на большое количество импорта, случаев экспорта штаммов из Бразилии за границу было примерно в 10 раз больше, если учитывать весь анализируемый период.
ПУБЛИЧНОСТЬ
Обширная база данных
В ходе исследования секвенировали более 3,8 геномов Sars-CoV-2, относящихся к случаям, зарегистрированным в восьми штатах Бразилии в период с февраля 2020 года по июнь 2021 года. Помимо IOC/Fiocruz, Instituto Butantan и USP, Центральных лабораторий общественного здравоохранения (Lacens) из пяти бразильских штатов и Парагвая, Институт Карлоса Шагаса (Фиокрус-Парана) и Hemocentro de Ribeirão Preto (SP) сотрудничали в секвенировании.
Объем последовательностей составляет около 20% от общего числа геномов, декодированных в Бразилии за период исследования. В ходе анализа исследователи также проанализировали около 13 тысяч геномов, доступных в общедоступных базах данных, относящихся к случаям, зарегистрированным в стране за этот период, в общей сложности достигнув примерно 17 тысяч геномов. Также была проанализирована информация о случаях в Парагвае.
Источник: Информационное агентство «Фиокрус»
