Нещодавно опублікована стаття в журналі Природа Мікробіологія детально описує динаміку поширення коронавірусу в Бразилії та надає портрет перших двох хвиль covid-19. Серед інших результатів у роботі обговорюється роль мобільності населення, заходи обмеження подорожей і поява перших варіантів у поширенні захворювання.
ПУБЛІЦИДА
«Генерація геномів і аналіз даних мають вирішальне значення для розуміння та моніторингу еволюції патогенів, особливо враховуючи циркуляцію багатьох мікроорганізмів у Бразилії, таких як Sars-CoV-2, денге, Зіка, чикунгунья та віспа мавп, серед інших. Це підкреслює необхідність підтримувати системи моніторингу активними», – пояснює перший автор статті, запрошений дослідник лабораторії IOC/Fiocruz Flavivirus Марта Джованетті.
Дослідження під керівництвом Інституту Освальдо Круза (IOC/Fiocruz), Інституту Бутантан та Університету Сан-Паулу (USP) включало участь більше ста вчених, які працюють в установах у восьми країнах: Бразилії, Парагваї, Італії, Півд. Південна Африка, Великобританія, Португалія, Сполучені Штати та Австралія.
Геноми з усієї Бразилії
Дослідження проаналізувало геноми з усієї Бразилії. На карті кружечки позначають обсяг генетичних послідовностей, що відповідають кожному штату. На графіку кольори позначають різні виявлені лінії вірусу.
ПУБЛІЦИДА
«Як дослідники, ми зобов’язані генерувати дані, щоб спробувати зрозуміти процеси розповсюдження патогенів з ендемічним та епідемічним потенціалом і, в той же час, інформувати органи охорони здоров’я та населення. Препринт дозволяє швидко ділитися», – зазначила дослідник Марта.
Передача
У дослідженні вказується, що більшість випадків зараження коронавірусом у Бразилії відбулося до введення обмежувальних заходів, таких як закриття шкіл і підприємств. Більшість штамів були завезені з Європи, приблизно 114 незалежних інтродукцій до квітня 2020 року. У найінтенсивніший період обмежень, з квітня по серпень 2020 року, було зафіксовано 33 інтродукції коронавірусу.
Незважаючи на велику кількість імпорту, було приблизно в 10 разів більше випадків експорту штамів з Бразилії за кордон, враховуючи весь аналізований період.
ПУБЛІЦИДА
Велика база даних
Дослідження секвенували понад 3,8 геномів Sars-CoV-2, що стосуються випадків, зареєстрованих у восьми бразильських штатах у період з лютого 2020 року по червень 2021 року. Окрім IOC/Fiocruz, Instituto Butantan та USP, Центральні лабораторії громадського здоров’я (Lacens) із п’яти бразильських штатів і Парагвай, Instituto Carlos Chagas (Fiocruz-Paraná) і Hemocentro de Ribeirão Preto (SP) співпрацювали з секвенуванням.
Обсяг послідовностей становить приблизно 20% від загальної кількості геномів, розшифрованих у Бразилії протягом періоду дослідження. У ході аналізу дослідники також проаналізували близько 13 тисяч геномів, доступних у публічних базах даних, що стосуються випадків, зареєстрованих у країні в цей період, досягнувши в цілому приблизно 17 тисяч геномів. Також була проаналізована інформація щодо випадків у Парагваї.
Джерело: Fiocruz News Agency
